Câu ca dao từ bao đời đã để lại trong lòng người dân Huế và du khách đến Huế hình ảnh một cảnh chùa thơ mộng.
Chùa tọa lạc trên đồi Hà Khê, thuộc xã Hương Long, thành phố Huế.
Trong Ô Châu cận lục viết đời Mạc, đã thấy ghi chép chùa Linh Mụ được Chúa Nguyễn Hoàng cho tái thiết vào đầu thế kỷ XVII. Theo truyền thuyết, năm Tân Sửu (1601), Đoan Quốc Công Nguyễn Hoàng nhân đi du ngoạn núi non sông biển, khi đặt chân đến đây, thấy phong cảnh tuyệt đẹp, địa thế thật tốt. Vua nghe kể có người trông thấy một bà già đầu tóc bạc phơ, mặc áo đỏ quần xanh ngồi chơi ở đỉnh gò mà nói : “Rồi đây sẽ có chân Chúa đến dựng lại chùa ở nơi này để tụ linh khí mà làm bền cho long mạch”. Nói xong, người đàn bà biến mất. Từ đó, dân chúng gọi tên núi là Thiên Mụ sơn, và Chúa Nguyễn Hoàng cho dựng lại chùa, viết biển đề “Thiên Mụ Tự” (đến đời vua Tự Đức, chùa được đổi tên là Linh Mụ Tự).
Ban đầu chùa còn đơn sơ, chưa có những công trình kiến trúc và mỹ thuật nổi tiếng. Năm 1665, Chúa Nguyễn Phúc Tần cho trùng tu chùa, qui mô kiến trúc còn nhỏ.
Năm 1695, Thiền sư Thạch Liêm tức Thích Đại Sán, người Chiết Tây, Trung Quốc, thuộc phái Tào Động, được Chúa Nguyễn mời sang Việt Nam lập đại giới đàn. Ngài là một danh nhân đời nhà Thanh, đã được Chúa Nguyễn Phúc Chu mời làm trụ trì chùa Thiên Mụ. Tháng 7 năm 1696, trước khi trở về Trung Quốc, Ngài đã truyền giới Bồ-tát cho Chúa Nguyễn Phúc Chu, ban đạo hiệu là Thiên Túng Đạo nhân, nối pháp đời thứ 30 Tào Động chánh tông. Từ chùa Thiên Mụ và chùa Khánh Vân (Huế), Ngài có công truyền bá Thiền phái Tào Động ở đàng Trong.
Năm 1710, Chúa Nguyễn Phúc Chu cho đúc quả đại hồng chung nặng 3285 cân, là một tác phẩm mỹ thuật quí giá. Tiếng chuông chùa từ đấy đã an nhiên trong lòng người dân xứ Huế, đã đi vào thơ ca.
Thiên Mụ chung thanh
Cao cương cổ sát trấn tiền xuyên
Nguyệt tướng thường viên tự tại thiên.
Bách bát hồng thanh tiêu bách kết
Tam thiên thế giới tỉnh tam duyên.
Tăng hoằng ngọ nhật u minh cảm
Liêu lượng dần tiêu đạo vị huyền
Phật tích Thánh công thùy hải vũ
Thiện nhân tăng quả phổ cai diên.
(Thiệu Trị ngự đề)
Nghĩa là :
Tiếng chuông chùa Thiên Mụ
Gò cao chùa cổ bên sông,
An nhiên nguyệt tướng mặt vòng tròn gương.
Niệm tan phiền não sầu thương,
Ba ngàn thế giới tỉnh đường ba sinh.
Chuông rền cảm giới u minh,
Ban mai tiếng tụng hiển linh đạo huyền.
Thánh công Phật tích lưu truyền,
Nhân lành quả tốt khắp miền nước non.
(Nguyễn Quảng Tuân dịch)
Năm 1714, Chúa Nguyễn Phúc Chu lại tiếp tục cho xây dựng thêm nhiều công trình huy hoàng, tráng lệ. Đó là lần trùng tu qui mô nhất gồm : cổng tam quan, điện Thiên vương, điện Ngọc Hoàng, điện Thập Vương, nhà thuyết pháp, lầu Tàng kinh, lầu chuông, lầu trống, nhà Vân Thủy, nhà thiền, điện Đại Bi, điện Dược sư, tăng phòng … Chúa lại cho mở an cư kiết hạ trong vườn Tỳ Da suốt 3 tháng, và cho người sang Trung Quốc thỉnh Tam Tạng kinh Luật, Luận Đại thừa hơn một ngàn bộ đem về lưu giữ tại chùa.
Vào đầu thế kỷ XIX, các vua nhà Nguyễn như Gia Long, Minh Mạng đã cho trùng tu, sửa sang chùa. Giữa là điện Đại Hùng, phía sau là điện Di-lặc, điện Quan Âm và Tàng Kinh. Hai bên là điện Đại Hùng và điện Thập Vương.
Đến năm 1844, vua Thiệu Trị cho dựng tháp Từ Nhân (về sau đổi tên là tháp Phước Duyên), bảy tầng, cao 21m, bằng gạch, mỗi tầng thờ một pho tượng Phật. Đã 150 năm qua, tháp Phước Duyên ngày ngày soi bóng xuống dòng sông Hương , gây nhiều cảm xúc khó tả cho biết bao du khách đến với cố đô. Trước tháp, vua cho dựng đình Hương Nguyện ba gian, sườn bằng gỗ chạm khắc tinh xảo. Hai bên, dựng hai nhà bia ghi kiến trúc tháp Phước Duyên, đình Hương Nguyên và nhiều bài thơ của vua Thiệu Trị.
Qua đầu thế kỷ XX, chùa bị hư hỏng nặng do cơn bão năm Giáp Thìn (1904). Vua Thành Thái đã cho trùng tu chùa vào năm 1907 và cho đến ngày nay, qua công lao của Hòa thượng Thích Đôn Hậu cùng nhiều Tăng, Ni, Phật tử, du khách xa gần, ngồi chùa cổ Thiên Mụ được xây dựng lại, tuy không còn qui mô to lớn như trước, nhưng vẫn trang nghiêm, hùng tráng.
Du khách đến thăm chùa, sau khi bước lên 15 bậc tam cấp ở cổng tam quan sẽ gặp nền đá của đình Hương Nguyện xưa kia và tháp Phước Duyên. Hai bên đình Hương Nguyện cũ có hai nhà bia, và hai bên tháp Phước Duyên có một nhà bia và một nhà chuông thời Chúa Nguyễn Phúc Chu. Sau lưng tháp là một tấm bia nhỏ.
Sau khi tham quan các công trình có tính chất lưu niệm ở khu vực phía ngoài, du khách vào phía trong cửa Nghi Môn cũng được bao quanh bằng khuôn tường xây đá. Ở đây có các điện Đại Hùng, điện Địa Tạng, điện Quan Âm, nhà trai, nhà khách, vườn hoa. Sau cùng là tháp mộ Hòa thượng Thích Đôn Hậu nằm giữa vườn thông.
Điện Đại Hùng ở chùa Thiên Mụ được bài trí đơn giản. Tượng đức Phật Di-lặc được tôn trí ở tiền điện, hai bên có chuông và khánh đá. Ở căn giữa, trong án thờ được chạm khắc công phu và sơn son thếp vàng lộng lẫy là tượng Tam Thân (Pháp thân, Ứng thân, Hóa thân), phía trước là tượng đức Phật Thích-ca. Ngoài cùng là bàn chuông, mõ. Gian hai bên thờ Bồ-tát
